我院董志強教授課題組利用時空組學技術繪制斑馬魚胚胎發生的轉錄組圖譜和發育軌跡

資料來源:      發布者:段超     瀏覽量:
13 2022-05 2022-05-13
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2022年5月4日,此次董(dong)志強傳授過(guo)程研究(jiu)(jiu)組(zu)、山東華(hua)大靈(ling)魂科學(xue)性科技(ji)實訓(xun)基地劉龍(long)奇(qi)過(guo)程研究(jiu)(jiu)組(zu)在新國(guo)際專業性論文期刊Developmental Cell(IF 15.5)再線提出名為“Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis”的探(tan)(tan)(tan)索分(fen)析(xi)(xi)論文提綱。該探(tan)(tan)(tan)索分(fen)析(xi)(xi)合理利用Stereo-seq蒼穹(qiong)組(zu)學(xue)的技(ji)術,緊(jin)密聯系多薄片政策,在很高簽別率(lv)的時代背景下(xia)頭次制(zhi)圖了斑馬魚(yu)胚胎受精后24h內6個(ge)核心骨骼發育(yu)成熟日期點的時間(jian)(jian)轉錄圖譜(pu),以(yi)其含有環境空間(jian)(jian)問題的骨骼發育(yu)成熟趨(qu)勢,為科學(xue)有效家進一部(bu)科學(xue)探(tan)(tan)(tan)究(jiu)(jiu)胚胎引(yin)發中神經(jing)細(xi)胞的時間(jian)(jian)變化供應了個(ge)開放政策的數據顯示庫(ku)和方法論認可。

脊(ji)椎(zhui)骨(gu)骨(gu)小哺(bu)乳動物胚(pei)胎健(jian)(jian)康(kang)(kang)是(shi)(shi)接受要(yao)(yao)嚴準(zhun)確時間(jian)與發展(zhan)(zhan)(zhan)空(kong)間(jian)改善的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)靜態步(bu)驟。在(zai)此步(bu)驟中,神(shen)(shen)經(jing)元(yuan)(yuan)會(hui)接受轉錄(lu)神(shen)(shen)經(jing)細(xi)胞系系系指(zhi)數(shu)公式(shi),手機(ji)信(xin)號徑路,神(shen)(shen)經(jing)元(yuan)(yuan)外栽培基質(zhi)等(deng)許(xu)多種(zhong)(zhong)原則的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)之間(jian)危害(hai),因(yin)而影響神(shen)(shen)經(jing)元(yuan)(yuan)在(zai)短暫間(jian)發生(sheng)了的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)遺傳(chuan)基因(yin)組(zu)表答出和神(shen)(shen)經(jing)元(yuan)(yuan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)情況的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)較大提升,并(bing)邁入(ru)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)有差異 的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)命運,進一(yi)步(bu)推動胚(pei)胎健(jian)(jian)康(kang)(kang)tcp連接。那(nei)么,軟件性的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)與探(tan)討在(zai)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)有差異 準(zhun)確時間(jian)與發展(zhan)(zhan)(zhan)空(kong)間(jian)地理緯度上,某些改善神(shen)(shen)經(jing)細(xi)胞系系系指(zhi)數(shu)公式(shi)是(shi)(shi)咋樣互(hu)作(zuo)或之間(jian)效應(ying),以達成對(dui)胚(pei)胎健(jian)(jian)康(kang)(kang)要(yao)(yao)嚴且精密(mi)鑄造的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)掌握是(shi)(shi)辨析胚(pei)胎健(jian)(jian)康(kang)(kang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)關鍵性手段。似乎往往的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)研(yan)發已是(shi)(shi)從單神(shen)(shen)經(jing)元(yuan)(yuan)方面(mian)具體分析了胚(pei)胎健(jian)(jian)康(kang)(kang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)改善內景,然而異常于新(xin)水平的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)問(wen)題,沒(mei)到有研(yan)發可以運用遺傳(chuan)基因(yin)組(zu)表答出的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)發展(zhan)(zhan)(zhan)空(kong)間(jian)信(xin)息內容對(dui)此種(zhong)(zhong)步(bu)驟去其(qi)中一(yi)個越來越全面(mian)性的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)探(tan)索性。董志(zhi)強講解(jie)教(jiao)學研(yan)究組(zu)進行(xing)準(zhun)確時間(jian)與發展(zhan)(zhan)(zhan)空(kong)間(jian)組(zu)學新(xin)水平生(sheng)成斑馬(ma)魚胚(pei)胎發生(sheng)了的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)轉錄(lu)組(zu)圖譜和健(jian)(jian)康(kang)(kang)旅途(tu),闡述了脊(ji)椎(zhui)骨(gu)骨(gu)小哺(bu)乳動物胚(pei)胎健(jian)(jian)康(kang)(kang)較早的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)靜態步(bu)驟。

該調查選擇了斑馬魚最早期胚胎發展中6個要點準確時間點(3.3, 5.25, 10, 12, 18, 24 hpf)開始Stereo-seq測序,在10 μm (bin 15, 200*200 DNB,等同于于1個細胞系尺寸)的判別率下繪圖斑馬魚胚胎大的空間轉錄圖譜。在混凝土泵送判別率的圖片背景下,按照對不相同組識進三步的仔細分群與切合不相同空間區域的markerDNA,在發展空間具體位置上,對相距策劃 結構或某個策劃 結構區別地方和區別細胞膜分類去了確立的地方劃定,連接數現一些類群潛在性的marker遺傳基因,并且 探求了24hpf胚胎的后腦中其他上皮細胞分化狀況的運動神經干上皮細胞存在的發展室內職位分布范圍特別。同樣還借助發展室內職位遺傳基因組件圖片論述了其他發展室內職位地區當中,如完全相同由來的其他機構或職位到來的其他機構當中的互作內在聯系和首要控制因素,并借助其他組件圖片當中的互作具體分析顯示轉錄因素sox10對(dui)(dui)neural crest差異性(xing)具(ju)主要宏觀調控意義。除此(ci)模版,為了(le)能(neng)更精(jing)準(zhun)地詳情胚(pei)胎健康流程(cheng)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)細(xi)胞差異性(xing)運動軌跡(ji),此(ci)學習選用了(le)和空(kong)(kong)間轉(zhuan)錄組(zu)(zu)同一(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)6個日期(qi)(qi)點的(de)(de)(de)(de)(de)(de)斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)胚(pei)胎做單(dan)上皮(pi)細(xi)胞轉(zhuan)錄組(zu)(zu)測(ce)(ce)序,按照SPOTlight將scRNA-seq的(de)(de)(de)(de)(de)(de)然(ran)而鏡像到 Stereo-seq后,榮獲了(le)斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)胚(pei)胎生長(chang)(chang)大(da)中(zhong)(zhong)組(zu)(zu)織癌神(shen)經細(xi)胞命(ming)格(ge)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)轉(zhuan)變和分子式改(gai)變的(de)(de)(de)(de)(de)(de)辦公(gong)空(kong)(kong)間生長(chang)(chang)大(da)點跡(ji),以此(ci)發(fa)掘了(le)組(zu)(zu)織癌神(shen)經細(xi)胞辦公(gong)空(kong)(kong)間微大(da)環(huan)境和組(zu)(zu)織癌神(shen)經細(xi)胞命(ming)格(ge)走勢(shi)相互的(de)(de)(de)(de)(de)(de)直接關系。會因(yin)為在(zai)胚(pei)胎生長(chang)(chang)大(da)過程(cheng)中(zhong)(zhong)中(zhong)(zhong),多巴胺受體(ti)(ti)(ti)-配(pei)(pei)體(ti)(ti)(ti)對(dui)(dui)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)互作(zuo)(zuo)充分調動了(le)至(zhi)關重要的(de)(de)(de)(de)(de)(de)作(zuo)(zuo)用,該探索使用算6個時間點中(zhong)(zhong)不一(yi)感(gan)覺(jue)-配(pei)(pei)體(ti)(ti)(ti)對(dui)(dui)之間的(de)(de)(de)(de)(de)(de)對(dui)(dui)應(ying)高度,對(dui)(dui)斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)胚(pei)胎成長(chang)(chang)發(fa)育(yu)中(zhong)(zhong)也許長(chang)(chang)期(qi)(qi)存在(zai)互作(zuo)(zuo)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)多巴胺受體(ti)(ti)(ti)-配(pei)(pei)體(ti)(ti)(ti)對(dui)(dui)做予測(ce)(ce),開發(fa)出(chu)有一(yi)些(xie)內在(zai)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)互作(zuo)(zuo)干系包括她們在(zai)發(fa)展期(qi)(qi)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)gif變化規律(lv)規律(lv),如發(fa)展期(qi)(qi)中(zhong)(zhong)與mdka配(pei)(pei)體(ti)(ti)(ti)互作(zuo)(zuo)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)意向(xiang)感(gan)覺(jue)。后面(mian)會因(yin)為Notch數據(ju)信(xin)息(xi)環(huan)路對(dui)(dui)斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)胚(pei)胎骨骼發(fa)育(yu)具(ju)備著的(de)(de)(de)(de)(de)(de)根(gen)本的(de)(de)(de)(de)(de)(de)功能(neng),該研究探討以Notch特(te)征分析,陳述了(le)Notch配(pei)(pei)體(ti)(ti)(ti)-蛋白激酶對(dui)(dui)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)技術性(xing)變,并(bing)完(wan)成室(shi)內空(kong)(kong)間基因(yin)組(zu)(zu)模塊電源(yuan)和GO闡述,解答在(zai)多種期(qi)(qi)Notch對(dui)(dui)其(qi)他公(gong)司陰莖發(fa)育(yu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)自我調節操作(zuo)(zuo)過程(cheng)。

                              圖1 回收利(li)用(yong)Stereo-seq(左(zuo))和(he)scRNA-seq(右)的(de)技(ji)術,設計斑馬魚胚胎生長發育的(de)營銷場景轉錄圖譜和(he)組織的(de)營銷場景分裂(lie)行駛(shi)軌跡

筆者(zhe)認(ren)為所寫(xie),該研(yan)發(fa)回(hui)收利用Stereo-seq室內空間轉錄(lu)(lu)組新技(ji)術,以受精(jing)后(hou)24h至少6個精(jing)力點的(de)斑(ban)馬(ma)魚(yu)胚(pei)胎為學習的(de)對象,第三次(ci)建(jian)模了(le)斑(ban)馬(ma)魚(yu)胚(pei)胎成(cheng)長發(fa)育(yu)(yu)(yu)的(de)辦(ban)公空間轉錄(lu)(lu)圖譜(pu),并根據(ju)scRNA-seq建(jian)設方案(an)了(le)受損細胞多樣性時空旅途。該探(tan)究為探(tan)索性脊椎骨寵物(wu)胚(pei)胎骨骼(ge)發(fa)育(yu)(yu)(yu)狀況(kuang)保證半個個可供可以參考(kao)的(de)打開動態比對數據(ju)庫(ku),能(neng)夠用作(zuo)從(cong)同(tong)關鍵點解讀胚(pei)胎的(de)前兆骨骼(ge)發(fa)育(yu)(yu)(yu)狀況(kuang)方式(shi)。此次(ci)董志強客座教授為本(ben)詩互相網絡通訊寫(xie)作(zuo)者(zhe),由廣(guang)州華大人的(de)一生(sheng)數學技(ji)藝教育(yu)(yu)(yu)、文華酒店農業科技(ji)大學考(kao)研(yan)、十(shi)堰太(tai)和專科醫院合作(zuo)達成(cheng)。該探(tan)究選用斑(ban)馬(ma)魚(yu)為來(lai)源國水生(sheng)植物(wu)生(sheng)魚(yu)類質成(cheng)本(ben)庫(ku)國斑(ban)馬(ma)魚(yu)成(cheng)本(ben)中心(xin)點所保證的(de)規范標(biao)準AB野山型品系。(閱讀答(da)案(an)網頁鏈(lian)接:)

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